의약분업의 명분을 흐트리는 의료기관과 약국의 담합을 막기 위해 복지부가 팔을 걷었다. 최근 보건복지부는 치협에 보내온 공문을 통해 의약분업 실시에 따른 의료기관과 약국간 담합금지 지침을 통보하고, 담합행위가 발생되지 않도록 협조해 줄 것을 부탁했다. 복지부는 공문에서 의료기관과 약국은 구조적, 경제적, 기능적으로 독립 운영되어야 하고 처방전 알선에 대해 약속을 주고받거나 알선의 대가를 제공해서도 안된다며 강한 의지를 보였다. 이에 따라 의료기관으로 허가받거나 신고한 대지 및 건물내 또는 의료기관을 담장 등으로 별도 구획한 경우 그 구획내에 약국을 개설하거나 의료기관 시설의 일부를 변경, 분할, 개수해 약국을 개설한 경우는 등록이 거부되고 기존의 약국도 등록이 취소된다. 또한 두 기관이 건물의 같은 층에서 출입구를 함께 사용하면서 사실상 의료기관의 조제실 역할만을 맡거나 건물을 달리하더라도 전용통로를 통해 의료기관과 약국을 드나들 수 있게 약국을 개설하는 경우는 집중 지도단속의 대상이 된다. 운영 및 관리에 있어서도 의료기관에서 특정약국에만 처방약 목록을 제공해 당해 약국에서만 조제가 가능하게 하거나 특정약국에서 조제를 받으라는 취지의 지시를 하고 유도를 하는 경우에는 고발 또는 행정처분된다.