세무조사는 정기조사와 비정기조사로 분류된다. 정기조사는 개인납세담당과장이 조사대상자를 선정하여 조사대상자를 조사과에 이관하면 조사과는 조사착수 10일전에 조사대상자에게 세무조사사전통지를 하고 조사팀을 배정한다. 배정된 조사팀은 조사착수전에 활용가능한 자료 등을 분석하여 조사대상자에 대한 문제점과 중점조사 항목을 도출하고 조사방향을 미리 설정하는 준비조사를 실시한다.

세무조사 사전통지서를 발송할 때 세무조사에 필요하다고 판단되는 재무제표, 증빙서류, 계약서철 등 준비사항과 차세대국세행정시스템(NTIS)에 수록되어 있는 과세자료해명안내를 함께 발송한다.

비정기조사는 조사관리팀이 조사대상자를 선정하고 조사대상자심리분석보고서를 작성한 후 조사착수 1~2일전에 조사팀을 배정하여 심리분석자료를 공유한다. 비정기조사는 세무조사사전통지는 생략되고 바로 현장조사에 착수한다. 현장조사가 시작되면 납세자에게 공무원증과 조사원증을 제시한 후 조사사유를 설명하고 납세자권리헌장의 교부 및 낭독후 청렴서약서를 작성한다.

세무조사는 개별세법에 규정하고 있는 질문·조사권에 근거하여 이루어지므로 조사대상자는 조사공무원의 질문에 당황하지 말고 민감한 질문은 즉답을 피한 후 세무대리인의 조력을 받아서 답변하고, 자료요청시에도 세무대리인과 협의하여 조사공무원의 의도를 파악후 성실하게 자료를 작성하여 제출하도록 하여야 하며, 진술서와 확인서 작성시에도 반드시 세무대리인과 사전협의를 하여야 한다. 진술서는 진술인이 쟁점사실에 대한 발생원인, 경위, 경과 등을 서술형으로 작성하는 문서인 서술형진술서와 세무공무원이 쟁점사실에 대한 발생원인, 경위, 결과 등을 문답형식으로 작성하는 문답형진술서가 있다.

세무조사가 종결되면 조사공무원은 조사한 사항들에 대해 확인서를 작성한다. 확인서는 특정의 사실 또는 법률관계의 존재여부를 인정하는 내용을 담은 문서이므로 서명후에는 확인서의 내용이 사실이 아니더라도 번복하기가 힘들어 진다. 따라서 확인서 내용중에 본인이 명확히 이해하지 못한 내용이 있을 경우에는 서명전에 세무대리인과 반드시 상의한 후에 서명하여야 한다. 세무조사결과는 조사종결일로부터 20일이내에 조사대상자에게 통보되는데 기존 신고소득에 세무조사로 적출된 소득을 가산한 총소득을 기준으로 소득세를 계산하여 기납부세액을 차감한 세액에 가산세를 합산한 금액을 부과하게 된다. 소득탈루율은 적출소득을 총소득으로 나눈 비율이며 고소득자영업자의 소득탈루율은 2010년 39.1%에서 2014년 43.1%로 4% 증가하였으며 의사와 변호사, 세무사, 회계사 등 고소득 전문직 자영업자 소득탈루율은 2010년 28.1%에서 2014년 32.9%로 4.8% 증가하였다. 2010년부터 2014년까지의 기간은 수입금액양성화가 급격히 진행되었음에도 불구하고 소득탈루율이 증가한 이유는 필요경비에 대한 엄격한 검증에 그 원인이 있으므로 필요경비관리에 더욱 세심한 주의와 노력을 기울여야 할 것이다.
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이종호 CPA  회계법인 ‘원지’