반박문에는 이번 전공의 배정 원칙이 지침에 따라 투명하고 객관적으로 진행됐음을 증명하는 원칙 등을 공개했다. 특히 실태조사소위원회에서 진행한 실태조사 결과를 비롯해 부적합 판정을 받은 수련기관에 대한 감원 조치의 타당성 및 각 수련기관과의 형평성 등에 대한 근거가 수록돼 있다.
특히 건치에서 제기한 환자진료실적 특혜 부분에 대해 “전공의 정원배정은 전속지도의 수와 환자 진료실적, 교육환경의 질, 수련기관 시설 등을 모두 고려해야 한다”면서 “판단 결과 현저하게 우수함에도 상대적으로 지나치게 불이익을 받고 있는 기관에 추가 배정한 것으로 이러한 기관들에 대해 형평성이 이뤄져야 한다는 지적이 다년간 있어왔고, 1명을 제외한 대다수 위원이 동의했다”고 반박했다.

전문의위원회에서는 현재 전공의가 과잉배정 되고 있는 것으로 지적돼 온 일부 기관과 비교해 전속지도전문의 수가 많고, 전공의 정원이 상대적으로 적을 뿐 아니라 연간 총 환자 진료 건수가 많은 수련기관(3가지 조건을 모두 충족)에 대해 전공의 정원을 1명의 범위 안에서 추가 배정했다.
또 ‘지역균형발전 명분으로 11개 치대병원에 레지던트 1명씩 추가 배정’과 관련한 건치 기사는 명백히 사실과 다른 오보임을 지적했다.
전문의위원회는 “지역거점병원으로서 역할을 충실히 하고 있는 2개 기관에 대해 전공의 1명씩 추가 배정했으며, 치대병원 중 동 기준이 적용돼 전공의가 배정된 곳은 단 한곳도 없다”고 밝혔다.
또 아무런 제한 없이 수련기관에서 전공의의 전문과목 이동을 허용한 것처럼 기사화하고 있는 부분과 관련해서도 사실과 전혀 다른 부분임을 주시시켰다.

반박문에 따르면 “일부 수련기관의 경우 전공의가 1명도 없는 전문과목이 발생하고 있어 자구책으로 개설된 전문과목에 전공의를 연차별로 나눠 순환 배정하고 있는 현실을 감안한 것으로 과거 전공의 정원 배정 시에도 충분히 고려됐던 사항”이라고 밝혔다.
아울러 “다만 비인기과목보다 인기과목에 전공의 배정을 순환 배정할 수 있다는 판단에 따라 전문 과목을 A그룹(치과 보철과, 치과교정과, 소아치과, 치주과, 치과보존과)과 B그룹(구강외과, 방사선과, 구강내과, 예방치과)으로 나눠 과목별 순환배정을 불가하도록 기준을 정했다”고 설명했다.